Последнее извержение Пинатубо произошло в июне 1991 года, впервые за 611 лет. От извержения и его последствий погибло как минимум 875 человек. Извержение уничтожило стратегическую базу ВВС США Кларк, расположенную в 18 км от Пинатубо и военно-морскую базу США. Окрестности вулкана были опустошены пирокластическими потоками и лахарами. Извержение было признано одним из самых сильных в XX веке (6 баллов по шкале извержений) .

Развитие активности Пинатубо происходило весьма стремительно. Первые признаки активности обнаружились в апреле 1991 г. После подземных толчков над вершиной появился столб пара. Власти Филиппин приняли решение о незамедлительной эвакуации населения в радиусе 20 км от вулкана. 7 июня над вершиной вулкана начал образовываться купол вязкой магмы, выдавливаемой давлением газов внутри горы.

Первый взрыв произошёл 12 июня в 3:41. Над горой на высоту 19 км поднялось черное пепловое облако, со склонов горы сошли пирокластические потоки. Следующий взрыв, 14 часов спустя, был еще более мощным. Газо-пепловая колонна поднялась на высоту 24 км. Третье взрывное извержение произошло 13 июня в 8:41. Оно продолжалось 5 минут. Высота эруптивной колонны — 24 км. Вслед за ним воцарилась тишина, длившаяся 3 часа. В полдень подземные толчки возобновились. 14 июня в 13:09 произошло 4-е извержение (продолжительность — 3 минуты, высота эруптивной колонны — 21 км).

15 июня произошло пароксизмальное извержение, достигшее наибольшей силы в 14:30. Высота эруптивной колонны составляла 34 км. Пепел, выброшенный этим извержением, закрыл непроницаемой завесой участок небосвода площадью 125 000 кв.км. Территория на этой площади на несколько часов погрузилась в полный мрак. Пепел выпадал во Вьетнаме, Камбодже и Малайзии.

После этого взрыва извержение, ослабевая, продолжалось до 17 июня.

За несколько дней извержения было выброшено около 10 кубических км горных пород (по этому показателю оно уступает в XX-м веке только извержению Катмай-Наварупта). Интенсивность выброса пирокластики превышала 300 тыс. кубических метров в секунду. Извержению Пинатубо, одному из 3-х в XX-м веке (вместе с извержениями Санта-Мария в 1902 и Катмай в 1912) был присвоен коэффициент эксплозивности 6. По оценкам геологов, энергия этого извержения в 10 раз превосходила энергию извержения таких вулканов, как Сент-Хеленс (1980) и Шивелуч (1964).

Огромный кратер диаметром 2,5 км, образованный извержением 1991 года, является центральным. Извержение не сопровождались сходом обломочных лавин с вершины и склонов горы, которыми отличались и Сент-Хеленс и Шевелуч. Пирокластические потоки образовывались из плинианских колонн. Все разрушение вулканической постройки осуществлено взрывами. В кратере образовалось озеро с дождевым питанием, уровень которого постепенно поднимался, пока в 2008 году большая часть воды из кратера не была спущена с целью предотвращения затопления окрестностей в случае резкого подъёма уровня в сезон дождей.

Последствия извержения Пинатубо были ощутимы по всему миру. Оно привело к самому мощному выбросу аэрозолей в стратосферу со времён извержения вулкана Кракатау в 1883 году. На протяжении следующих месяцев в атмосфере наблюдался глобальный слой сернокислотного тумана. Было зарегистрировано падение температуры на 0,5 °C и чрезмерное сокращение озонового слоя, в частности, образование особо крупной озоновой дыры над Антарктидой.

После извержения 1991 года в районе Пинатубо происходят регулярные подземные толчки, не позволяющие проводить какое-либо строительство в радиусе десятков километров от вулкана. Новых извержений не происходит. На склонах вулкана и внутренней части кратера восстанавливается растительный покров.

Вулкан Пинатубо является объектом горного туризма.